Già attivato durante la seconda metà del sec. XIX, l'Ufficio Segreteria è confermato dal Testo Unico del Regolamento e Pianta Organica del personale vallivo del 1923 e dal regolamento speciale per l'Azienda Municipalizzata delle Valli di Comacchio del 1955, con le funzioni di gestione degli affari generali, tenuta del protocollo e conservazione dell'archivio.
Durante gli anni '30 la documentazione è stata organizzata in fascicoli di pratiche distinte, numerati progressivamente da 1 a 545, senza apparente distinzione cronologica o di materia.
Probabilmente durante gli anni '50 la documentazione è stata riorganizzata suddividendo i fascicoli in ordine alfabetico.
Attualmente la serie è riordinata secondo il criterio alfabetico e le pratiche in più fascicoli sono state poste in ordine cronologico discendente, dalla più recente a quella più antica