Presente fin dal XIX secolo l'Ufficio Magazzino si occupa della custodia e distribuzione di tutti i materiali occorrenti all'Azienda, secondo le disposizioni del Regolamento Speciale per l'Azienda Municipalizzata delle Valli di Comacchio del 1955. La serie contiene documentazione relativa al movimento dei materiali ed alla costruzione dei recipienti da pesca. Altra documentazione riguardante il magazzino può essere rintracciata nelle serie "Ufficio Ragioneia" e "Registro contabili" in quanto l'Ufficio Magazzino trasmetteva la documentazione sul movimento materiali all'Ufficio Ragioneria per fini contabili e patrimoniali. (cfr. Inventario, C.R.E.C.S. 1988)