Nel 1577 gli uomini di Migliaro e Rotta sottoscrissero una supplica, indirizzata al duca Alfonso II d'Este in cui chiedevano il distacco dalla comunità di Massafiscaglia, cui erano stati fino allora sottoposti, e la costituzione del consiglio della comunità di Migliaro e Rotta, per regere et custodire si le persone come li loro beni.
Alfonso II rispose con rescritto del 13 novembre 1577 in cui istituiva il consiglio della comunità di Migliaro e Rotta, composto di 12 persone, di cui nove provenienti da Migliaro e tre da Rotta. Il consiglio fu riformato nel 1580, con i
Capitoli sopra le reformacione del Consiglio del Milliaro et Rotta e nel 1750 da cardinale legato Paolucci con la costituzione Capitoli e regole per il buon governo della Comunità di Migliaro.
Migliaro, sia durante il periodo estense sia durante il periodo pontificio, fu sede di podesteria, ed è presumibile, come sembra di capire dalla lettera di risposta di Alfonso II alla supplica degli uomini di Migliaro del 1577 e dalla documentazione preparatoria all'avviarsi del consiglio comunitario, che la podesteria fosse antecedente alla istituzione della comunità.
Con l'arrivo nel 1796 delle truppe francesi la comunità di Migliaro ha seguito le vicende istituzionali della Legazione di Ferrara.
Dall'ottobre del 1796 Ferrara e il suo territorio fecero parte della Repubblica Cispadana e Migliaro divenne sede cantonale; la Repubblica Cisalpina con deliberazione del 1 giugno 1798 del Consiglio dei Seniori istituì il comune di Sostegni (Migliaro) nel Circondario del Basso Volano, di cui era capoluogo Codigoro. A seguito dei mutamenti apportati dal decreto 8 giugno 1805, in cui il Regno d'Italia fu diviso in dipartimenti, distretti, cantoni e comuni, Migliaro divenne un comune del cantone di Codigoro, compreso nel distretto di Comacchio, uno dei tre distretti, con Ferrara e Rovigo, che costituivano il Dipartimento del Basso Po. Tale situazione non subì modifiche sostanziali fino alla fine del periodo napoleonico.
Durante il periodo della Restaurazione papa Pio VII emanò il 6 luglio 1816 il "motu proprio" sull'organizzazione dell'amministrazione pubblica dello Stato Pontificio, nelle tabelle allegate Migliaro è oltre che sede comunale, con appodiate le comunità di Cornacervina, Fiscaglia, Migliarino e Santa Margherita, anche sede di governatorato. Con Notificazione del 18 settembre 1816 e con Riparto dei governi e delle comunità dello Stato Pontificio con i loro rispettivi appodiati del 26 novembre 1817, Medelana divenne un appodiato del comune di Migliaro e i comuni di Massafiscaglia e Ostellato (con le frazioni di Campolongo, Dogato, Libolla, San Vito e San Zagno) furono sottoposti al Governatore di Migliaro.
La ripartizione territoriale del 1817 restò immutata sino al 1827, quando con "motu proprio" di Leone XII del 21 dicembre un nuovo Riparto territoriale dello Stato Ecclesiastico cambiò i confini in precedenza stabiliti. Migliaro, già sede di Governatore, divenne un comune sottoposto al Governatore di Codigoro, al pari di Massafiscaglia. Ostellato, sino allora comune sottoposto al Governatore di Migliaro, divenne un comune del governatorato di Portomaggiore. Medelana, dal 1817 appodiato di Migliaro, divenne un appodiato di Ostellato. Cornacervina da appodiato divenne una semplice frazione del comune di Migliaro. Il comune di Migliaro, privato della sede del governatorato, divenne una podesteria sottoposta al Governatore di Codigoro. La situazione determinata dal "motu proprio" del 1827 è confermata nell'Indice alfabetico di tutti i luoghi dello Stato Pontificio pubblicato a Roma nel 1829.
Non sembra che altre variazioni territoriali al comune di Migliaro siano state apportate con l'editto 5 luglio 1831, che successivamente alle vicende politiche del 1831 dettò nuove norme in materia di organizzazione amministrativa dello Stato, e con il Riparto territoriale del 31 dicembre 1833, se non l'abolizione della figura del Podestà.
Successive variazioni si sono avute nel 1881 quando con R. D. del 2 gennaio la sede municipale fu trasferita da Migliaro a Migliarino e quando, con R. D. 2 dicembre 1883, il comune di Migliaro fu autorizzato a denominarsi Migliarino e Migliaro fu declassata al ruolo di frazione.
La frazione di Migliaro con D.P.R. n. 936 del 5 giugno 1963 fu staccata dal comune di Migliarino ed eretta in comune autonomo.
L'archivio della comunità di Migliaro prende avvio nel 1577, dopo l'istituzione da parte di Alfonso II del consiglio comunitario. L'archivio ha subito diverse vicissitudini, tra cui un incendio, del quale si ha memoria nella determinazione consiliare del 20 giugno 1666 e danni per eventi bellici negli anni 1943-1945. Nel 1761 fu redatto il Repertorio et Inventario per alfabeto di tutte le scritture esistenti nell'Archivio della Comunità di Migliaro, per opera di Giuseppe Giori, segretario della comunità per ordine, con lettera non conservata del 26 novembre 1760, del cardinale legato di Ferrara. Le scritture esistenti nell'archivio furono raccolte in mazzi, i quali furono poi descritti in ordine alfabetico di materia. Nel 1998 tutta la documentazione superstite dell'archivio della comunità di Migliaro è stata riordinata e inventariata.
Bibliografia
Capitoli e regole per il buon governo della communità di Migliaro stabiliti et approvati dall'Eminentissimo e Reverendissimo Signor Cardinale Camillo Paolucci, Ferrara 1750.
Moto proprio della Santità di Nostro Signore Papa Pio Settimo in data 6 luglio 1816. Sulla Organizzazione dell'Amministrazione Pubblica, Roma 1816.
Collezione di pubbliche disposizioni emanate a seguito del moto proprio di N. S. Papa Pio Settimo in data de 6 luglio 1816 sulla Organizzazione dell'Amministrazione Pubblica, Roma s.d..
Istruzioni 25 novembre 1819 pei signori Governatori, Vice-Governatori, Gonfalonieri e Sindaci, Ferrara 1819.
Indice alfabetico di tutti i luoghi dello Stato Pontificio colla indicazione della respettiva Legazione o Delegazione in che sono compresi, del distretto, governo e podesteria da cui dipendono..., Roma 1829.
A. Malagò, Migliaro e Migliarino, Ferrara 1875.
Considerazioni sulla questione del trasporto della sede comunale, Ferrara 1876.
Regolamenti Municipali del Comune di Migliaro, Comacchio 1878.
L. Borsari, Memoria nella causa amministrativa fra Migliaro capoluogo del comune e la frazione di Migliarino, Ferrara 1880.
G. Franceschini, Appunti per una storia delle circoscrizioni amministrative del Ferrarese dal 1768 ai giorni nostri, Ferrara 1958.
U. Malagù, Guida del Ferrarese, Verona 1968.
Archivi storici in Emilia Romagna, a cura di G. Rabotti, Bologna 1991.
A. Faoro, Per la storia di Migliaro e Migliarino, in "Bollettino della Ferrariae Decus ", 12, 1997.
AA. VV., Migliaro Migliarino Fiscaglia Valcesura Cornacervina. Un millennio di storia in comune, Ferrara 2000.
G. Franceschini, Migliaro e Migliarino nella storia delle Amministrazioni locali ferraresi dei secoli XVIII e XIX, in AA.VV., Migliaro Migliarino Fiscaglia Valcesura Cornacervina. Un millennio di storia in comune, Ferrara 2000.